Em meados dos anos 90, a CCI (até então em uma única base, nos Estados Unidos) se empenhava em enviar missionários para plantar igrejas pelo mundo. Vendo o potencial da Igreja Brasileira em também enviar missionários, em 1996 um dos integrantes da organização se mudou para o Brasil a fim de fundar uma nova base do movimento. E assim, a CCI-Brasil nasceu em 1996, fundada pelos pastores João Mordomo e Roberto Silvado.

Ao longo de seus mais de 20 anos de existência, a base brasileira foi sendo direcionada por Deus em seu foco, sempre trabalhando de forma estratégica e em acordo com o Crossover Global.

Em 1999 sua visão era voltada primordialmente para a chamada Missão Mar Negro, com o objetivo de auxiliar e acelerar a plantação de igrejas em sete países dessa região do mundo.

Em 2004 a CCI-Brasil começou a trabalhar com turcos e curdos também fora da turquia. E em 2006 a visão foi expandida ainda mais, para todo o mundo árabe. Nesse mesmo período, começou-se a utilizar a estratégia de Missão Empresarial (Business as Mission) – Saiba mais na nossa página sobre BAM.

E a partir de 2009, ministérios começaram a ser criados e/ou incorporados à CCI-Brasil, como a MACI (Missão Amigos dos Ciganos), a Operação Índia (2011) e o CENA (Conexão Europa e Norte da África, em 2011); atualmente são as três Unidades Ministeriais que a base brasileira trabalha.